Jaén es una ciudad antigua. Los primeros restos arqueológicos, hallados en el monte de Santa Catalina, en Caño Quebrado, y en Marroquíes Altos, la actual calle de Cristo Rey, vinculan los primeros asentamientos con la Cultura del Argar, en el II milenio antes de Cristo, aunque en sus alrededores abundan las pinturas rupestres, incluso algunos restos de arquitectura megalítica.

Este conocimiento de la prehistoria de la ciudad ha quedado en entredicho con los descubrimientos arqueológicos de Marroquíes Bajos, que se remontan a la Edad del Cobre y que cuestionan la historia tradicional, que partía de un esquema de desarrollo de la ciudad en torno al monte del castillo.

Existen también restos de asentamientos ibéricos en el Puente Tablas, muy cerca de la ciudad, donde se conserva un lienzo de muralla y la Plaza de Armas, que pertenecieron a un poblado.

Alrededor del año 207 a.C. la ciudad es tomada por Escipión y arrebatada a los cartagineses. Tito Livio la describiría como una ciudad opulenta, recibiendo los nombres de Auringi, Orongi y Aurgi. No era en realidad una ciudad demasiado grande. Se levantaría alrededor del raudal de la Magdalena, corazón de la ciudad antigua, y no se conservan restos urbanos: sí estelas y mosaicos, muchos de ellos en el Museo Provincial. Vespasiano la declaró municipio en el año 74. 

La presencia visigoda supuso un momento de decadencia para la ciudad, en favor a Mentesa, La Guardia, hasta donde llegaba el limes bizantino.

En el año 712 cae en manos de los árabes. La ciudad toma el nombre de Geen, que significa "paso de caravanas".  La ciudad vivió una época próspera, sobre todo a partir del siglo IX, cuando se convierte en la capital de la cora de Yayyan, nombre que al parecer también adoptó la ciudad. La ciudad se fortificó y también se construyó el castillo antiguo. De esta época, se conservan algunos edificios, entre los que destacan los Baños Árabes Califales.

La ciudad pasaría a manos cristianas en 1246, cuando Alhamar la entrega al Rey Fernando III. Se fortifica el castillo y la ciudad, que pasa a ocupar un lugar estratégico por su cercanía con el reino moro de Granada, lo que le vale reconocimientos y privilegios reales. 

Durante este periodo fueron frecuentes las escaramuzas entres moros y cristianos. El personaje más destacado es el Condestable Miguel Lucas de Iranzo, que ejerce como hombre de confianza de Enrique IV, en el siglo XV. Testimonio de su época es la "Crónica del Condestable Iranzo", en la que se testimonia el ambiente cortesano que se formó en su entorno, dado a las fiestas y celebraciones. Emprendió importantes reformas en la ciudad y mantuvo luchas contra el vecino maestro de la Orden de Calatrava.

Finalizada la Reconquista, Jaén se convierte en una ciudad próspera, capital del Reino del mismo nombre. La abundancia de agua propicia una rica agricultura y ganadería. La ciudad tiene representación en Cortes y se beneficia de sus privilegios reales. El Cabildo Catedralicio gozaría de enorme poder y en esta época se iniciaría la construcción de la Catedral.

El siglo XVII arranca con una profunda crisis, fruto de las malas cosechas, epidemias y la política de los Austrias, de continuas levas e impuestos. La ciudad perdería población progresivamente y se empobrecería, lo que supondría el deterioro de los barrios más antiguos. Esta crisis se mantendría prácticamente hasta el siglo XX.

Durante la Guerra de la Independencia se sucedieron episodios sangrientos y los franceses establecieron una guarnición en el castillo, que volarían a su marcha.

Años más tarde, su posición de lugar de paso le implicaría en las Guerras Carlistas y por sus tierras finalizaría la revuelta de Riego.

La ciudad es nombrada capital de provincia en 1833, lo que vendría a suponer un respiro en su proceso de decadencia. Sin embargo, esta tendencia no se rompería hasta 1960, cuando Jaén recobraría impulso e iniciaría una nueva fase de crecimiento.

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