La más conocida de todas, con la que la ciudad ha encontrado un alto grado de identidad, es la del Lagarto de Jaén o de La Malena, nombre popular del barrio más antiguo de Jaén, la Magdalena. Un monstruoso lagarto que vivía en la gruta del manantial atemorizaba a los vecinos. Un preso se ofreció a liberarlos a cambio de su indulto, lo que logró dejando un rastro de panes que el monstruo siguió hasta San Ildefonso, donde se tragó un saco de pólvora que le provocó una fatal explosión. La leyenda ha estado presente en la vida cotidiana de la ciudad. Durante años se conservó en el transcoro de San Ildefonso una piel de caimán que se decía que era la del Lagarto. Un dicho popular es "así revientes como el lagarto de la Malena". Por último, se ha buscado semejanza entre el plano de la ciudad medieval, enroscada alrededor el Monte de Santa Catalina y la forma de este mítico animal.

Leyendas de época medieval son la de la Casa de los Rincones, que habla de la presencia en la ciudad de Pedro I el Cruel, el Señor de la Tarima referida a un caso de sacrilegio entre judíos, el viaje de San Eufrasio, antiguo obispo de Jaén, llevado en volandas por diablos a Roma para impedir el pecado del Papa y que se relaciona con la llegada del Santo Rostro a Jaén, o la de Santa Catalina, que se sitúa en el momento de la toma de la ciudad por Fernando III el Santo. 

De tema moro se conserva la leyenda de Caño Quebrado, en la que una reina mora se convierte en manantial ahogada en la pena por la pérdida de su marido, o la de la Mantilla Colorada, teñida de sangre de mozas cristianas y que explica el origen de esta prenda tradicional de la mujer jiennense.

Inequívoco sabor romántico guarda la de la Cruz del Pósito, historia de enamorados y honores afrentados de final trágico.

Pero no todas las leyendas tienen orígenes tan remotos. Muy conocida en Jaén, por los rumores de casos que podríamos calificar como polstergeits, es la de la Casa del Miedo, que arranca a finales del siglo XIX. La de la Fuente de la Peña, en la que un arriero encuentra un niño que resulta ser un demonio, data de mediados del siglo XX. Por último, en la Merced no hace tantos años se veían espectros iluminados por las noches que resultaron ser amantes que se cubrían con sábanas para espantar a los curiosos.

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